Tumorgenomik und personalisierte Tumormedizin OGI

Priv.-Doz. Dr. Hakan Alakus

An primären Zellkultur betreiben wir eine patientenbasierte Tumorzellanalytik und generieren ein Modell zur Untersuchung des individuellen Therapieansprechens. Hierzu erfolgen umfangreiche (epi)genomische Untersuchungen (whole-exome Sequenzierung, Methylierungs-Arrays), Analysen des Proteoms (TOF-MALDI) sowie funktionelle Studien zu den Eigenschaften der Apoptose, Migration, Proliferation und Metastasierung der entsprechenden Zelllinien. Ferner können gezielte Behandlungsmethoden wie Radiatio oder Chemotherapie in-vitro simuliert und hieran ein mögliches Therapieansprechen abgeleitet werden. Zudem ermöglicht dieser Versuchsaufbau die Testung sogenannter Targeted drugs, um neue Therapieansätze zu erforschen und die individuelle Tumorbiologie weiter nachzuvollziehen. Ausgehend von diesem in-vitro Modell ist die Überführung der Untersuchungen ins in-vivo Mausmodell zur Validierung möglich.

Ein weiterer Forschungsschwerpunkt unserer Arbeitsgruppe ist die gezielte und systematische Analyse der The Cancer Genome Atlas Daten (TCGA-Daten) nach Alterationen in Genen, die eine Therapieoption für alternative bzw. neue Chemotherapeutika für Karzinome des oberen Gastrointestinaltrakes bieten (actionable genes).

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